Identification of Phytoplasmas on Carrot (Daucus carota L.) and Leafhopper Associated with Yellow Disease in Bogor and Bandung, West Java

  • Isti Wulandari Balai Besar Uji Standar Karantina Pertanian
  • Kikin Hamzah Mutaqin
  • Giyanto Giyanto
  • Sri Hendrastuti Hidayat
Kata Kunci: nested-PCR, penyakit kuning, wereng batang, wereng daun, wortel

Abstrak

Gejala kuning mirip seperti infeksi fitoplasma ditemukan pada pertanaman wortel di Jawa Barat. Penelitian bertujuan mengidentifikasi fitoplasma pada tanaman wortel dan serangga wereng yang berasosiasi dengan gejala kuning di Bogor dan Bandung. Wereng yang ditemukan pada pertanaman wortel di Bogor terdiri atas 5 spesies wereng daun (Hemiptera: Cicadellidae), yaitu Balclutha incisa (Matsumura), Orosius argentatus (Evans), Cicadulina bipunctata (Matsumura), Empoascanara indica (Datta), Exitianus indicus (Distant), dan 1 spesies wereng batang (Hemiptera: Delphacidae), yaitu Sogatella  furcifera (Horváth). Deteksi fitoplasma pada tanaman dan wereng dilakukan dengan nested-PCR, sikuensing, dan analisis DNA sikuen. Nested-PCR berhasil mengamplifikasi DNA target, yaitu gen 16S rRNA fitoplasma dari tanaman dan wereng. Analisis identitas matriks sikuen fitoplasma asal tanaman wortel di Bogor menunjukkan homologi tertinggi dengan fitoplasma dari grup 16SrII, yaitu Peanut witches’-broom phytoplasma; sedangkan sampel asal Bandung menunjukkan homologi tertinggi dengan fitoplasma dari grup 16SrI, yaitu Ca. Phytoplasma asteris dan Tomato big bud phytoplasma. Analisis identitas matriks sikuen fitoplasma asal wereng di Bogor (B. incisa, S. furcifera) menunjukkan homologi tertinggi dengan fitoplasma dari grup 16SrII, yaitu Cactus witches’-broom phytoplasma; sedangkan fitoplasma asal C. bipunctata dari Bogor menunjukkan homologi tertinggi dengan fitoplasma grup 16SrI, yaitu Ca. Phytoplasma asteris. Tulisan ini merupakan laporan pertama fitoplasma yang menginfeksi tanaman wortel di Bogor dan Bandung.

Unduh

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Referensi

Deng S, Hiruki C. 1991. Amplification of 16S rRNA genes from culturable and nonculturable mollicutes. J Microbiol Methods. 14:53–61. DOI: https://doi.org/10.1016/0167-7012(91)90007-D.

Duduk B, Peric P, Marcic D, Drobnjakovic T, Picciau L, Alma A, Bertaccini A. 2008. Phytoplasmas in carrots: Disease and potential vectors in Serbia. Bull Insectology. 61(2):327–331.

Gera A, Mawassi M, Weintraub PG. 2011. Phytoplasma and spiroplasma diseases in open field-crops in Israel. Bull Insectol. 64:53–54.

Gundersen DE, Lee IM. 1996. Ultrasensitive detection of phytoplasmas by nested-PCR assays using two universal primer pairs. Phytopathol Mediterr. 35:144–151.

Hosseini SAE, Salehi M, Khodakaramian G, Mirchenari SM, Bertaccini A. 2015. An up to date status of Alfalfa witches’ broom disease in Iran. Phytopathogenic Mollicutes. 5(1):9–18. DOI: https://doi.org/10.5958/2249-4677.2015.00057.2.

Omar AF. 2017. Detection and molecular characterization of phytoplasmas associated with vegetable and alfalfa crops in Qassim region. J Plant interact. 12(1):58–66. DOI: https://doi.org/10.1080/17429145.2017.1279357.

Orenstein S, Franck A, Kuznetzova L, Sela I, Tanne E. 1999. Association of phytoplasmas with a yellows disease of carrot in Israel. J Plant Pathol. 81:193–199.

Prasetya A, Giyanto, Mutaqin KH, Sinaga MS. 2017. Fitoplasma patogen tumbuhan legum, kaktus, bambu, dan rumput: Pengembangan teknik deteksi dan keragaman molekuler [disertasi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.

Prasetyo AE, Mutaqin KH, Giyanto. 2017. Deteksi dan identifikasi fitoplasma yang berasosiasi dengan penyakit layu kelapa di Pulau Derawan, Kalimantan Timur. J Fitopatol Indones. 13(3):89–97. DOI: https://doi.org/10.14692/jfi.13.3.89.

Salehi M, Hosseini SAE, Salehi E, Bertaccini A. 2016. Molecular and biological characterization of a 16SrII phytoplasma associated with carrot witches’ broom in Iran. J Plant Pathol. 98(1):83–90.

Sastrini T, Mutaqin KH. 2013. Penularan fitoplasma sapu pada tanaman kacang tanah oleh serangga vektor Orosius argentatus dan deteksi molekuler dengan teknik PCR. J Fitopatol Indones. 9(1):21–28. DOI: https://doi.org/10.14692/jfi.9.1.21.

Schneider B, Seemuller E, Smart CD, Kirkpatrick BC. 1995. Phylogenetic classification of plant pathogenic mycoplasma-like organisms or phytoplasmas. Di dalam: Razin S, Tully JG, editor. Molecular and Diagnostic Procedures in Mycoplasmology. London (GB): Academic Press. hlm 369–380.

Sibarani SMA, Joko T, Subandiyah S. 2019. Detection and identification of banana-associated phytoplasma using nested-PCR method. JPTI. 23(1):148–155. DOI: https://doi.org/10.22146/jpti.38320.

Wei W, Davis RE, Lee IM, Zhao Y. 2007. Computer-simulated RFLP analysis of 16S rRNA genes, identification of ten new phytoplasma groups. Int J Syst Evol Microbiol. 57(8):1855–1867. DOI: https://doi.org/10.1099/ijs.0.65000-0.

Wilson MR, Claridge MF. 1991. Handbook for the identification of leafhoppers and planthoppers of rice. Wallingford (GB): CAB International.

Diterbitkan
2022-11-04
Bagian
Articles